'सम्भल' नामक जिस स्थान पर भगवान अवतार लेंगे उसके मध्य में हरिमन्दिर होगा, जिसके मध्य में ब्रह्मा द्वारा सत्ययुग में शिवलिंग की स्थापना की जायेगी. 24 कोस की परिधि में 68 तीर्थ बसाये जायेंगे और यहाँ 19 कूप होंगे. 68 तीर्थ, 19 कूप और मध्य में हरिमंदिर वाला यह नगर सत्ययुग में सत्यव्रत, त्रेता में महद्गिरी, द्वापर में पिंगल और कलियुग में 'सम्भल' के नाम से जाना जायेगा.
श्री कल्कि अवतार की भूमि सम्भल के विषय में गंगा तट का भी उल्लेख है जो हमारी खोज को सही दिशा देने में बड़ी सहायता करता है. गंगा तट पर बसे इस स्थान पर श्री विष्णु का दसवाँ पूर्णावतार श्रीकल्कि अवतार के रुप में होगा. जिन 68 तीर्थों का उल्लेख स्कन्द पुराण के सम्भल महात्म्य में किया गया है, वे निम्न हैं-
अवन्तीसर, अंगारक, अत्रिकाश्रम, एकान्ति, उध्वरिता, सूर्यकुण्ड़, हंसतीर्थ, कृष्णतीर्थ, कुरुक्षेत्र, दशाश्मेघ, विष्णुपादोदक, विजयतीर्थ, श्वेतदीप, ज्ञान के शव, पिशाचमोचन, नेभिषारण्य, धर्मनिधि, चतुःसागर, लोलार्क, चन्द्रतीर्थ, शंख माधव, यनघंट, पापमोचन, कालोदक, सोमतीर्थ, चक्र सुदर्शन, गोकुल बनारसी, रत्न प्रयाग, वासुकी प्रयाग, क्षेमक प्रयाग, तारक प्रयाग, गन्धर्व प्रयाग, मृत्युंज्य तीर्थ, ज्येष्ठ पुष्कर, मध्य पुष्कर, कनिष्ठ पुष्कर, नन्दा पंच गोवर्धन, सुनन्दा पंच गोवर्धन, सुमना पंच गोवर्धन, सुरभिपंच गोवर्धन, ब्रह्म वर्त, नर्मदा, वाग्भारती, वंश गोपाल, रेवाकुण्ड़, गोदावरी, गोमती, भविष्य गंगा, ऋणमोचन, मनोकामना, महिष्यती, पुष्यदन्त, अकर्म मोचन, आदि गया, गुप्त तीर्थ, रत्नतीर्थ, स्वर्गतीर्थ, मोक्षतीर्थ मलहानि तीर्थ, त्रिसन्ध्या, भागीरथी, मत्योदरी, भद्रकाश्रम, अनन्तेश्वर, विष्णु खात और देवखात तीर्थ.
पवित्र 19 कूप जो पुराणों में वर्णित हैं, निम्न हैं-
चतुर्मुख कूप, अशोक कूप, पंचाग्नि कूप, धर्म कूप, यज्ञ कूप, धरणीवाराह कूप, ऋषिकेश कूप, विमल कूप, पाराशर कूप, कृष्ण कूप, विष्णु कूप, शोनक कूप, वायु कूप, जमदग्नि कूप, अकर्म मोचन, मृत्युंजय कूप और बलि कूप.
दसवीं शताब्दी के अंत में तत्कालीन राजा पृथ्वीराज चौहान ने पुराणों के कथन को बड़ी गम्भीरता से लिया और सम्भल नामक स्थान पर एक छोटा नगर पाकर, उसके मध्य में 'शिवलिंग' स्थापित देखकर वह हैरान हो गया. पृथ्वीराज चौहान के आश्चर्य का ठिकाना नही रहा जब उसको पता चला कि इस शिवलिंग कि स्थापना किसी मानव द्वारा नही की गई है, बल्कि इसकी स्थापना स्वयं ब्रह्मा ने की है और यह आदिकाल से यहाँ स्थित है. पृथ्वीराज चौहान ने लगभग 1095 ई0 में सम्भल में इसी स्थान पर एक भव्य मंदिर का निर्माण कराया. जिसका नाम हरिमन्दिर रखा गया. कुछ इतिहासकारों का मानना है कि यहाँ मंदिर पहले से ही था. पृथ्वीराज चौहान ने उसका सौन्दर्यीकरण कराया था. 1115 ई0 में पृथ्वीराज चौहान के निधन के बाद अफ़गानों एवं मुगल बादशाहों ने 'सम्भल' पर कब्जा कर लिया.
मुस्लिम शासको में कुछ बादशाह कट्टपंथी मुसलमान थे. जिन्होनें भारत के अनेकों तीर्थों को ध्वस्त किया था. तत्कालीन बादशाह बाबर को अपने सलाहाकारों के माध्यम से यह पता चला कि हिन्दु धर्म में मान्यता है कि 'सम्भल' नामक स्थान पर भगवान का कल्कि अवतार होगा. जो अधर्म का नाशकर धर्म की स्थापना करेगा. यह जानकारी मिलने के बाद बाबर ने हरिमंदिर सहित सभी 68 तीर्थों को ध्वस्त करने के आदेश दिये गये.
हरिमंदिर को पूर्णरुप से ध्वस्त न करके उसकी ऊपरी मंजिल को तोड़कर वहाँ मस्जिद बनवा दी गई. जो आज भी मौजूद है. जिसकी सम्पूर्णं बनावट मंदिर की भांति ही है. क्रमशः